I Tranemos skogar glittrar cirka 160 vattenspeglar av olika slag; sjöar, åar, bäckar, forsar och tjärnar. Kommunen kan sägas breda ut sig mellan floderna Ätran i väster och Nissan i öster, men största delen hör till Ätrans avrinningsområde. Endast 4 av kommunens 25 sjöar ingår i Nissans avrinningsområde. Assman/Jälmån är ett av Ätrans större biflöden som i sin tur förgrenas till Musån och Sämån. Här ingår exempelvis sjöarna Hagasjön, Grytteredsjön och Dalstorpasjön. Ambjörnarps sjörika trakter, med bland annat Visen och Pjukasjön, utgör källområde till Lillån, ett annat av Ätrans större biflöden, med bland annat Stångån och Kvarntopsån. Yttre Åsunden och Torpasjön i norr är ur naturvårdssynpunkt klassade med ”särskilt högt naturvärde” bland kommunens sjöar, och därefter är Gräsken längst i söder samt Björsjön och Hökasjön i nordväst klassade med ”högt naturvärde”.

Elsabosjön, i nordöst på gränsen till Jönköpings län, är en av Nissans källsjöar och Store Malen är källsjö till Västerån, ett av Nissans större biflöden. Lagmanshagasjön är den tredje större sjön i kommunen som ingår i detta avrinningsområde.